O Edital de Seleção é publicado pela Direção Geral da FPL e todo o processo é acompanhado por uma comissão de quatro membros, composta por professores doutores do corpo permanente. A inscrição é feita mediante o pagamento de taxa, entrega do Curriculum Vitae com documentação comprobatória e pré-projeto, cujo template é disponibilizado no site da FPL. O Pré-projeto deve conter: título da pesquisa; introdução ao tema; objetivos gerais e específicos; justificativa; revisão teórica; metodologia; viabilidade de execução (com cronograma); e referências.

A primeira etapa do processo seletivo, classificatória, é realizada mediante o Teste ANPAD. A segunda etapa, eliminatória, consiste em uma redação sobre temas relacionados às linhas de pesquisa do MPA. O aluno será reprovado se obtiver menos de 70% de aproveitamento nesse texto. O Curriculum Vitae é analisado mediante ficha de avaliação, assim como o pré-projeto, na terceira etapa. Os candidatos aprovados participam da última etapa, que é a de entrevistas.

O Processo de Seleção do Mestrado em Administração acontece semestralmente, em função do número de vagas disponíveis (considerando a normatização da Capes em relação ao número de orientações por professor).